El Ekekho es una deidad venerada desde siglos antes de la conquista del territorio por los españoles. Sus seguidores creían que ahuyentaba la desgracia de los hogares y atraía la fortuna.

Se piensa que se originó entre los habitantes de la cultura Tiwanaku. Tras la conquista por los aymaras y luego por los incas, adoptaron la deidad, y la convirtieron en símbolo de la fertilidad y la buena suerte.

El arqueólogo paceño Carlos Ponce Sanginés opinaba que las antiquísimas figuras antropomorfas (con joroba prominente y apéndice fálico) serían de la época del Imperio inca, y antecesoras del Ekekho de la época de la colonia. Manuel Rigoberto Paredes escribió que estas diminutas estatuillas fálicas serían remanentes de remotas fiestas sagradas del solsticio de verano.

En sus inicios, el Ekekho era de piedra, jorobado, tenía rasgos indígenas y no llevaba ningún tipo de vestimenta: su desnudez era el símbolo de la fertilidad.

En la colonia el culto a la deidad tomó nueva fuerza en La Paz (actual sede de gobierno de Bolivia) durante el cerco que ésta ciudad soportó durante el alzamiento indígena de Túpac Katari contra el control español.

La Iglesia Católica intentó erradicar su culto en tiempos de la colonia, sin mayor éxito, aunque la imagen llegó a sufrir ciertos cambios: fue vestida y sus rasgos cambiaron a los de un mestizo.